Какие файлы овечают за это?
В sf вызовы перезарядки в L2Character.java / doCast()
rechargeAutoSoulShot() делает перезарядку всех незаряженых шотов, поставленных в авто-режим.
Делается это до действия ака скила или физ. атаки - дабы минимизировать кол-во вызовов(в противном случае придется распихивать вызовы в каждый skillhandlers и други обработчики атаки).