DELETE FROM character_skills WHERE character_skills.skill_id NOT IN(SELECT skill_id FROM skill_trees WHERE skill_trees.class_id=(SELECT class_id FROM characters WHERE characters.obj_Id=character_skills.char_obj_id) AND skill_trees.level>=((SELECT level FROM characters WHERE characters.obj_Id=character_skills.char_obj_id)));
Перед использованием советую сделать бекап
так как полную работо способность гарантировать не могу