Я тоже категорически за. Т.к. с нынешними файлами из того же MC работать - мучение.
Но когда я по мелочи начал такие исправления в l2j вносить, Joukelis сделал откат с комментарием, что так делать не следует.
Подумав, что это чем-то может повредить Windows-юзеров (хотя глюки только в Notepad'е при этом будут, полагаю
), я решил оставить как есть.
Можно для тестов несколько рабочих файлов перевести в unixline и посмотреть, не изменится ли работа с ними под Windows. В Eclipse, думаю, должно быть пофиг. В FAR Manager - тем более