BOINC

Интересно кто что думает об этом проекте.

Проект распределённые вычисления BOINC - для тех кто в танке.
BOINC: compute for science - для тех кто желает присоединиться
BOINC - еще немного о проекте...

Я когда-то потерял свой аккаунт от setihome и больше распред. вычислениями не занимался

Я ключи ломал, в seti участвовал, в молекулярной биологии и поиске простых чисел (там пни рулят). Теперь я кончился.

Участвовал в foldinghome. Причем клиента поставил на 15 машин(уровень p4 2500 ±лапоть). Престал через три месяца, потому как задолбалось следить за этой кучей. Нормального сетевого администрирования нет, толком не уследишь где работает, а где прекратило из-за ошибки связи или еще чего. Плюс многопроцессорность плохо поддерживается.:/

Вышла новая мобильная версия Boinc

Тип: Новая версия
Версия: boinc_7.22.2
Краткое описание: от 22 May 2023
Что нового:
Слегка изменённый интерфейс, исправление ошибок, расширение поддержки устройств.

Доступна новая версия BOINC (7.24.1).

Описание последней версии
Изменения в версии 7.24.1

Улучшена реализация регулировки процессора значение по умолчанию для настройки «suspend_if_no_recent_input» равно 0, а не 60 если запланированный запрос не удался, укажите URL-адрес планировщика (это может быть проблемой).
Показывать предупреждение, если время простоя для возобновления вычислений превышает время простоя для приостановки вычислений.
Игнорировать старые настройки, отправленные проектами или AM избегайте перепланирования процессоров при наличии заданий MT
Диспетчер: ошибка в диалоговом окне вычислений настроек
Менеджер: добавьте кнопку в журнал событий, чтобы отображать только оповещения (ошибки).
Менеджер: улучшение согласованности контрольных меток и ускорителей.
Менеджер: показывать родные названия для языковых вариантов и только тех, для которых доступны переводы.
Android: в случае приостановки из-за перегрева или зарядки аккумулятора не возобновляйте работу в течение как минимум 5 минут.
Mac: поддержка темного режима в расширенном просмотре
Mac: добавлен стандартный ярлык команды-запятой для пункта меню «Настройки».

(Release notes for the BOINC Client:
Changes in 7.24.1
 improve implementation of CPU throttling
 the default value for the "suspend_if_no_recent_input" pref is 0, not 60
 if sched request fails, show the scheduler URL (that might be the problem)
 Show alert if idle time to resume computing is greater than idle time to suspend computing
 ignore old prefs sent by projects or AM
 avoid overscheduling CPUs in presence of MT jobs
 Manager: computing prefs dialog bug
 Manager: Add button in event log to display only alerts (errors)
 Manager: Improve consistency of control labels and accelerators
 Manager: Show native names for language options, and only those for which translations are available
 Android: if suspend because of battery heat or charge, don't resume for at least 5 minutes.
 Mac: Support Dark Mode in Advanced View
 Mac: Add standard command-comma shortcut for Preferences menu item)

Новые приложения OpenCL для графических процессоров AMD в проекте Asteroids@home!

Всем привет,

Мы с гордостью представляем наши новые приложения OpenCL для графических процессоров AMD!

Процесс разработки занял некоторое время, но нам наконец удалось его построить. Нам еще предстоит доработать много недоработок, но благодаря вам, ребята, и вашим отзывам мы продолжим улучшать код.

Для приложения Linux требуется 64-битная ОС с GLIBC v2.31 или выше, и оно будет работать на большинстве графических карт AMD Radeon и некоторых интегрированных графических процессорах AMD с поддержкой OpenCL 1.1 или выше.

Для приложения Windows требуется 64-битная версия Windows 10 или 11, и оно будет работать на большинстве карт AMD Radeon и некоторых интегрированных графических процессорах AMD с поддержкой OpenCL 1.2 или выше.

Приятного счета и спасибо за вашу поддержку! Команда Asteroidshome.

Обновление исследования от команды MCM
(сентябрь 2023 г.)

Анализ команды MCM показал, что результаты рака яичников были неоднородными. С 25 сентября мы начнем проводить дополнительные отделения по работе с яичниками.

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 22 сентября 2023 г.

Терминология

Сигнатура гена: набор генов, которые, как показано, играют определенную роль в заболевании, называется сигнатурой гена. Когда такая сигнатура может предсказать наличие заболевания, ее называют диагностической генной сигнатурой. Когда сигнатура связана с выживанием, ее называют прогностической сигнатурой. Коэффициент корреляции Мэтьюза: статистический метод, используемый для оценки эффективности прогнозной модели. Он измеряет разницу между фактическими значениями и прогнозируемыми.
Зонды: короткие последовательности ДНК, нацеленные на небольшую область транскрипта (гена). Чтобы сделать их более специфичными, зонды организованы в наборы зондов, которые используются для обнаружения и количественной оценки присутствия последовательностей генов посредством гибридизации из-за комплементарности между зондом и мишенью.

Фон

Проект Mapping Cancer Marker направлен на выявление биомаркеров, связанных с различными видами рака.

Анализируя миллионы точек данных из наборов данных о тканях пациентов, мы можем выявить закономерности, которые могут обеспечить раннее выявление, выявление с высоким риском и настройку планов лечения для пациентов.

В нашем мартовском обновлении мы описали наше исследование биомаркеров рака легких, проведенное путем тестирования нескольких сигнатур в наборе данных тканей, принадлежащих пациентам, у которых в анамнезе был рак легких, чтобы найти любые группы зондов, которые могут указывать на рак легких у пациента на ранней стадии. Поскольку работа над признаками рака легких продолжается, мы начали интерпретировать данные о раке яичников, которыми делимся в этом обновлении.

Анализ рака яичников

Подобно нашему подходу к раку легких, для исследования биомаркеров рака яичников мы использовали коллекцию нескольких наборов данных, в общей сложности 711 образцов. Из образцов 410 имели короткую выживаемость менее 3 лет, а 301 имели длительную выживаемость более 4 лет. Наш анализ был сосредоточен на дифференциации пациентов с длительной выживаемостью от пациентов с короткой выживаемостью.
Благодаря помощи волонтеров WCG нам удалось протестировать более 160 миллиардов (1,626353x1011) сигнатур-кандидатов на рак яичников в нескольких размерах. Затем мы рассмотрели подписи с коэффициентом корреляции Мэтьюза в процентиле 99,999 среди всех подписей того же размера.

На рисунке 1 показано распределение биомаркеров в сигнатурах. Под счетчиком понимается количество раз, когда зонд присутствует в верхних сигнатурах своего размера.

Рисунок 1. Частота каждого подсчета (т. е. количество раз присутствия зонда) на размер сигнатуры для данных о раке яичников.

Результаты рака легких, показанные на рисунке 2, соответствуют нормальному распределению биомаркеров по сигнатурам, тогда как результаты рака яичников (рисунок 1) не являются нормальными. Из-за такой неоднородности результатов по раку яичников мы решили провести дополнительные исследования по раку яичников. Эти рабочие блоки будут отправлены начиная с понедельника, 25 сентября, и пока они выполняются, рабочие блоки саркомы будут приостановлены.

Рисунок 2. Частота каждого подсчета (т. е. количество случаев присутствия зонда) на размер сигнатуры для данных о раке легких. Спасибо за вашу постоянную поддержку. Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить.


Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:



Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

«Есть кто-нибудь здесь?»

Астрономы ждут ответа от Альтаира

Автор: КАЗУКИ ЭНДО/штатный автор

НАГАНО – Астрономы с нетерпением ждут первого контакта разумной жизни с посланием, переданным в космос 40 лет назад.

Они надеются, что ответ с Альтаира, находящегося в 16,7 световых годах от Земли, вполне может прийти уже сейчас, учитывая относительную близость звездной системы и прошедшее время.

Символично, что наблюдатели за звездами решили, что 22 августа, когда 7 июля звездный фестиваль Танабата с участием небесных «любовников» Альтаира и Веги выпадает на лунный календарь, самое подходящее время для ожидания сообщения «оттуда». ».

Команда под руководством Синья Нарусавы из Университета Хёго развернёт антенну диаметром 64 метра в Саку, префектура Нагано, в надежде наблюдать радиосигналы в ответ на сообщение, отправленное в 1983 году.

Послание, состоящее из 13 рисунков, изображающих историю жизни на Земле, внешний вид людей и другую информацию, было создано астрономами Масаки Моримото и Хисаси Хирабаяси.

По словам Нарусавы, радиосигналы, изображающие эти рисунки, были переданы из Соединенных Штатов 15 августа 1983 года в рамках проекта космической тематики, посвященного 15-летию еженедельной антологии комиксов Shonen Jump.

Моримото, японский пионер в области, известной как поиск внеземного разума (SETI), работал в Токийской астрономической обсерватории Токийского университета, которая сейчас является частью Национальной астрономической обсерватории Японии.
Сейчас он умер.

Хирабаяси — почетный профессор Японского агентства аэрокосмических исследований. 58-летний Нарусава сказал, что где-то во Вселенной должна существовать разумная жизнь за пределами Земли.
«С 1990-х годов было обнаружено большое количество экзопланет», — сказал Нарусава, который также является исследователем SETI.

«У Альтаира может быть планета, окружающая среда которой может поддерживать жизнь».
Его команда будет тренировать антенну в Центре глубокого космоса Усуда JAXA в течение одного часа с 22:00. 22 августа.

В Танабате японцы молятся о том, чтобы пастух и ткач, любовники, разделенные в мифологии Млечным Путем, могли встретиться хотя бы раз в году, 7 июля.

Пастух представлен Альтаиром в созвездии Орла, а ткач отождествляется с Вега в созвездии Лиры.
В этом году Танабата выпадает на 22 августа по лунному календарю. В 1983 году, когда вопрос «Привет, есть кто-нибудь?» Послание было передано на небеса, оно вернется 15 августа.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:



Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

А вот моя видеокарта GeForce 1660 Super 6 Gb участвует в проекте Einstein@Home, помогает в обработке данных с космического гамма-телескопа Ферми НАСА в поисках сигналов от гамма-пульсаров.

BOINC Census 2023

Welcome to the BOINC Census for 2023!

Добро пожаловать на перепись BOINC 2023 года!

Это проект, поддерживаемый Инициативой Science Commons (The SCI), направленный на улучшение текущего развития, пользовательского опыта, маркетинга и роста BOINC и его использования во всем мире.

Целью этого опроса является сбор общей анонимной информации о вас и о том, как вы используете BOINC. Мы не собираем адреса электронной почты или контактную информацию, а собираем только очень широкую демографическую информацию в этом опросе.

Результаты опроса будут опубликованы для всеобщего обозрения после завершения переписи. Все результаты будут анонимными.

Посмотреть результаты прошлого года можно здесь.

Мы рекомендуем вам поделиться этим опросом со всеми, кого вы знаете, кто использует BOINC, и отправить только один ответ в эту форму.

Если вы хотите получить уведомление, когда будет доступна следующая перепись, нажмите здесь.




Спасибо за поддержку BOINC!

Обновление исследования биомаркеров рака легких от команды MCM (ноябрь 2023 г.)

Мы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в рамках проекта MCM1. В этом обновлении основное внимание уделяется гену IL13RA1, связанному с выживаемостью при раке легких и дифференциально экспрессируемому при нескольких типах рака по сравнению с нормальными тканями.

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 27 ноября 2023 г.

Фон

Распознавание закономерностей у онкологических больных может быть полезным, поскольку позволяет нам выявлять признаки рака у других пациентов или персонализировать лечение различных пациентов в соответствии с их генетическим профилем.

Проект Mapping Cancer Markers анализирует базы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомой, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.
С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали на проект более 867 200 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований о различных типах рака значительно быстрее и более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают делать пожертвования на этот проект.

Мы продолжаем работу над общими биомаркерами рака легких. VAMP1, FARP1, GSDMB и ADH6 обсуждались в наших обновлениях за март, апрель, июль и сентябрь. Здесь мы излагаем информацию о IL13RA1.
Исследования IL13RA1

IL13RA1, часть семейства рецепторов интерлейкина, кодирует субъединицу альфа-1 рецептора интерлейкина-13, которая вместе с IL4RA образует функциональный рецептор интерлейкина-13 (IL13) (Uniprot). Интерлейкины представляют собой тип цитокинов, которые экспрессируются различными клетками организма и играют важную роль в активации и дифференцировке иммунных клеток, а также в пролиферации, созревании, миграции и адгезии. Следовательно, будучи субъединицей рецептора IL13, IL13RA1 позволяет IL13 оказывать эти эффекты.

Учитывая его участие в иммунной функции, неудивительно, что была выявлена возможная связь между IL13RA1 и несколькими заболеваниями, включая ишемическую болезнь сердца[1], болезнь Паркинсона[2], язвенный колит[3], астму и другие аллергические заболевания[ 4,5,6]. IL13RA1 также был идентифицирован как синаптический белок, который участвует в пластичности и нейропротекции после травмы [7].

Как и другие представленные нами гены, мы исследовали роль IL13RA1 при раке легких и обнаружили, что он играет защитную роль, как показано на рисунке 1.

Рисунок 1. Кривые выживаемости пациентов с высокой и низкой экспрессией IL13RA1 (KMplotter).

Мы также исследовали, распространяется ли это открытие на другие виды рака. Как показано на рисунке 2, аналогичные тенденции в экспрессии IL13RA1 наблюдаются при большинстве протестированных видов рака. В соответствии с этим наблюдением в литературе были документированы ассоциации между экспрессией IL13RA1 и раком поджелудочной железы[8], раком щитовидной железы[9], раком мочевого пузыря[10], раком молочной железы[11] и раком головного мозга[12].

Рисунок 2. Экспрессия IL13RA1 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).

Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить. Спасибо за вашу постоянную поддержку.

Рекомендации

Фэн X, Чжан Ю, Ду М, Ли С, Дин Дж, Ван Дж, Ван Ю, Лю П. Идентификация диагностических биомаркеров и терапевтических мишеней в периферическом иммунном ландшафте при ишемической болезни сердца. Джей Трансл Мед. 5 сентября 2022 г.; 20 (1): 399. дои: 10.1186/s12967-022-03614-1. PMID: 36064568; PMCID: PMC9444127.
Агирре К.А., Кончетта Морале М., Пэн К., Санчес-Алавес М., Синтрон-Колон Р., Фенг К., Фазелпур С., Махер П., Конти Б. Два однонуклеотидных полиморфизма в IL13 и IL13RA1 у лиц с идиопатической болезнью Паркинсона повышают восприимчивость клеток к окислительный стресс. Мозговой иммунитет. 2020 август;88:920-924. doi: 10.1016/j.bbi.2020.04.007. Epub, 7 апреля 2020 г. PMID: 32276028; PMCID: PMC9012133.
Гвигнер М., Мартинес-Нунес Р.Т., Уайток С.Р., Бонданезе В.П., Кларидж А., Коллинз Дж.Э., Каммингс Дж.Р.Ф., Санчес-Эльснер Т. МикроРНК-31 и микроРНК-155 сверхэкспрессируются при язвенном колите и регулируют передачу сигналов IL-13 путем нацеливания на интерлейкин 13 Рецептор α-1. Гены (Базель). 13 февраля 2018 г.;9(2):85. doi: 10.3390/genes9020085. PMID: 29438285; PMCID: PMC5852581.
Константинидис А.К., Бартон С.Дж., Сэйерс И., Ян И.А., Лордан Дж.Л., Рорк С., Клаф Дж.Б., Холгейт С.Т., Холлоуэй Дж.В. Исследования генетической ассоциации полиморфизмов гена субъединицы альфа1 рецептора интерлейкина-13 при астме и атопии. Eur Respir J. Июль 2007 г.;30(1):40-7. дои: 10.1183/09031936.00025706. Epub, 28 марта 2007 г. PMID: 17392323.
Фуруэ М., Улзи Д., Накахара Т., Цудзи Г., Фуруэ К., Хасимото-Хатия А., Кидо-Накахара М. Влияние IL-13Rα2 на атопическое воспаление кожи. Аллергол Инт. Июль 2020 г.;69(3):412-416. doi: 10.1016/j.alit.2020.01.005. Epub, 6 февраля 2020 г. PMID: 32037147.
Маккензи С.И., Варезе Н., Ауи П.М., Рейнвальд С., Уайнс Б.Д., Хогарт П.М., Тьен Ф., Хью М., Ролланд Дж.М., О'Хехир Р.Э., ван Зельм М.К. Секвенирование РНК одиночных аллерген-специфичных В-клеток памяти после иммунотерапии пыльцой трав: две уникальные судьбы клеток и CD29 как биомаркер эффекта лечения. Аллергия. Март 2023 г.;78(3):822-835. дои: 10.1111/all.15529. Epub, 1 октября 2022 г. PMID: 36153670.
Ли С, Олде Хеувел Ф, Рехман Р, Аусджи О, Фрелих А, Ли З, Джарк Р, Чжан В, Конквест А, Вулфле С, Шон М, О Меара CC, Рейнхардт РЛ, Фёрингер Д, Кассубек Дж, Людольф А, Хубер-Ланг М., Нёлль Б., Морганти-Коссманн М.К., Брокманн М.М., Бокерс Т., Розелли Ф. Интерлейкин-13 и его рецептор представляют собой синаптические белки, участвующие в пластичности и нейропротекции. Нац Коммун. 2023, 13 января;14(1):200. дои: 10.1038/s41467-023-35806-8. PMID: 36639371; PMCID: PMC9839781.
Ши Дж, Шен X, Кан Q, Ян X, Дензингер М, Корнманн М, Трауб Б. Потеря интерлейкина-13-рецептора-альфа-1 вызывает апоптоз и способствует ЕМТ при раке поджелудочной железы. Int J Mol Sci. 26 марта 2022 г.; 23 (7): 3659. doi: 10.3390/ijms23073659. PMID: 35409019; PMCID: PMC8998778.
Ван Б., Шен В., Ян Л., Ли X, Чжан Л., Чжао С., Цзинь X. Выявить потенциальный молекулярный механизм циркРНК, регулирующий мРНК, связанную с иммунитетом, через микроРНК губки в возникновении и иммунной регуляции папиллярного рака щитовидной железы. Энн Мед. 2023;55(2):2244515. дои: 10.1080/07853890.2023.2244515. PMID: 37603701; PMCID: PMC1044398.
Fang ZQ, Zang WD, Chen R, Ye BW, Wang XW, Yi SH, Chen W, He F, Ye G. Профиль экспрессии генов и пути обогащения на разных стадиях рака мочевого пузыря. Генет Мол Рез. 6 мая 2013 г.; 12 (2): 1479-89. doi: 10.4238/2013.Май.6.1. PMID: 23765955.
He M, Hu C, Deng J, Ji H, Tian W. Идентификация новой характеристики, связанной с гликолизом, для прогнозирования прогноза пациентов с раком молочной железы. World J Surg Oncol. 2 октября 2021 г.; 19 (1): 294. doi: 10.1186/s12957-021-02409-w. PMID: 34600547; PMCID: PMC8487479.
Морено Д.А., да Силва Л.С., Гомеш И., Леал Л.Ф., Берардинелли Г.Н., Гонсалвес ГМ, Перейра К.А., Сантана IVВ, Мацусита М.М., Бхат К., Лоулер С., Рейс Р.М. Иммунное профилирование рака раскрывает биомаркеры, иммунологические пути и оценку типов клеток, связанных с выживаемостью пациентов с глиобластомой. Тер Адв Мед Онкол. 21 декабря 2022 г.; 14: 17588359221127678. дои: 10.1177/17588359221127678. PMID: 36579028; PMCID: PMC9791289.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:



Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

Мы с гордостью сообщаем о нашем новом наборе оптимизированных приложений, которые будут использовать механизмы с поддержкой набора инструкций AVX512 или, точнее, те, которые поддерживают инструкции AVX512dq!

Эти приложения созданы для поддержки ОС Linux и Windows с 64-битной архитектурой. Разработка этой версии стала возможной благодаря огромной помощи команды Ахорека!

К сожалению, оказывается, что клиентские приложения BOINC для Windows по-прежнему не сообщают серверу все параметры процессора правильно. Это из-за известной ошибки, и даже после множества обсуждений на каналах BOINC она все еще существует. Хорошей новостью является то, что благодаря команде Ахорека исправление уже было принято и добавлено в репозиторий BOINC, и исправление будет применено после выпуска версии клиента 7.26.0. А до этого момента, чтобы запустить приложение AVX512, вам может потребоваться переключиться на анонимную платформу.

Мы хотели бы напомнить вам, что хотя сервер Boinc способен найти наиболее эффективное приложение для каждой конкретной системы с учетом множества факторов, через некоторое время он начнет отправлять подходящее приложение для каждой конкретной системы. Это означает, что даже если ваш процессор поддерживает инструкции AVX512dq, он все равно может получать задачи FMA или AVX, и вам не о чем беспокоиться. В таком случае вы можете попробовать так называемую анонимную платформу, где ваш клиент будет явно запрашивать приложение AVX512.

Приятного счета и спасибо за вашу поддержку!
Команда Asteroidshome

Новогоднее соревнование на boincstats будет по отечественному проекту распределённых вычислений GerasimHome

Присоединяйте Ваши команды для увеличения вычислительных мощностей: Challenge Chat | BOINCstats/BAM!

Уважаемые участники SiDock@home,

Мы успешно достигли 21 важной вехи в нашей продолжающейся инициативе по открытию лекарств, и этот сильный, открытый и поддерживаемый сообществом проект по открытию лекарств продолжается.
В последнее время наши исследования были рутинными: виртуальный скрининг в одной и той же библиотеке на плеяду мишеней, связанных с короной. Однако эти усилия имеют решающее значение для развития наших исследований.

В настоящее время мы готовим публикации для двух наших завершенных задач (3CLpro и PLpro) и готовим почву для будущих целей по борьбе с наркотиками (здесь мы также планируем создать пул, в котором вы, участники, поможете нам принять решение о предстоящих целевых работах).

И последнее, но не менее важное: мы благодарим всех, кто пожертвовал криптовалюту или деньги. Сумма пожертвований на данный момент составляет 639 евро и 12 140 Gridcoin. Мы планируем использовать их для закупки препаратов и проведения скрининга in vitro. Как всегда, мы благодарны всем вам за ваш вычислительный вклад и обсуждения!

Мы с нетерпением ждем дальнейшей работы над SiDockhome.
С Рождеством всех и всего наилучшего Всем!
С наилучшими пожеланиями,
Наталья, Марко, Чртомир и Иней

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

Установка программного обеспечения Boinc

Скачать для Windows
Чтобы внести свой вклад в World Community Grid, при иследовании Рака, Онкологии, Диабета и других болезней, установите программное приложение BOINC.

1. Найдите БОИНК
Найдите загруженный установщик BOINC. Местоположение будет зависеть от вашего браузера, а имя вашего установщика будет содержать разные символы в конце имени файла.

2. Установите
Дважды щелкните, чтобы запустить установщик, а затем следуйте появляющимся подсказкам.

3. Начните вносить свой вклад

Поздравляем, теперь вы подключены к World Community Grid и готовы внести свой вклад! Просто продолжайте использовать свое устройство, как обычно, и World Community Grid использует вашу свободную энергию для научных исследований.

Загрузить программное обеспечение для Windows.

НОВОЕ УЛУЧШЕННОЕ ПРИЛОЖЕНИЕ «ГРАВИТАЦИОННАЯ ВОЛНА» И СПЕЦИАЛЬНОЕ ПОЗДРАВЛЕНИЕ С НОВЫМ 2024 ГОДУ
Отправлено 16 января 2024 г.
Дорогие кранчеры!

Мы хотели бы поделиться с вами двумя вещами:

а) приложение GW с ускорением на графическом процессоре теперь гораздо менее требовательно к памяти и с меньшей вероятностью выдает ошибки. Если вы ранее отказались от приложения GW, мы приглашаем вас пересмотреть свое решение и дать шанс новой версии.

б) чтобы отметить выпуск нового приложения, у нас есть специальное праздничное предложение для наших волонтеров: вы получите в два раза больше кредитов BOINC за результаты в приложении GW.

[подробности смотрите в теме форума]

В последнее время мы были заняты улучшением процесса обработки данных при запуске поиска гравитационных волн по всему небу O3 по данным O3 (поиск O3ASHF).

Мы заметили, что некоторые вещи были не совсем оптимальными: изначально приложению требовалось почти 4 ГБ памяти на вашей видеокарте, что, по общему признанию, было слишком амбициозным. Мы заметили, что многие результаты возвращаются к нам в виде ошибок вычислений, вызванных ошибками распределения памяти.

Мы также заметили, что довольно много пользователей отказались от приложения Gravitational Wave, и мы подозреваем, что в этом виноваты относительно высокий уровень ошибок и высокие требования к памяти. Приносим извинения за возможные неудобства.

Поэтому мы существенно изменили рабочие модули и приложение: вместо того, чтобы обрабатывать определенный объем пространства параметров за один раз для каждого рабочего модуля (и использовать для этого почти 4 ГБ видеопамяти), новое приложение будет работать на рабочих модулях, которые выполняют поиск в том же пространстве. но в два этапа последовательно, каждый раз охватывая половину предыдущего объема поиска. Преимущество состоит в том, что теперь максимальный объем видеопамяти, используемый для этого, составляет всего около 2 ГБ, и чтобы создать некоторый запас безопасности, мы позволяем BOINC принять требование примерно в 2,5 ГБ.

Новая версия приложения была развернута некоторое время назад, и мы действительно наблюдаем существенное уменьшение количества рабочих единиц, завершающих работу с ошибкой, поэтому все работает так, как задумано.

Важно: если вы ранее отказались от поиска по гравитационным волнам в пользу ускоренного поиска с помощью графического процессора BRP7, мы хотели бы предложить вам снова включить поиск GW в ваших настройках (в разделе «Проект»: обратите внимание, что вы возможно, вы захотите установить это во всех «местах» BOINC).

С Новым 2024 годом!

Дополнительные кредиты

В качестве стимула попробовать новое приложение (особенно если вы ранее отказались от него) и в качестве компенсации за потенциальные проблемы в прошлом мы увеличили количество кредитов за новые рабочие единицы, генерируемые с этого момента, до 10 тысяч, что в два раза превышает предыдущую сумму. . Некоторые дополнительные технические примечания Если у вас есть видеокарта с 4 ГБ видеопамяти или меньше, вы, вероятно, захотите убедиться, что вы случайно не запустите два или более экземпляров приложения одновременно.

В этом случае «Коэффициент использования графического процессора» в настройках вашего проекта в BOINC должен быть установлен на 1,0, что является значением по умолчанию. Если вы уменьшили это значение до 0,5 и т. д., чтобы разрешить параллельное использование нескольких устройств в прошлом, и вы видите ошибки в вычислениях (потому что BOINC попытается запустить два устройства с общим использованием ОЗУ, очень близким к 4 ГБ, потому что BOINC обманут низким объемом видеопамяти). использования в самом начале приложения), вам следует установить значение 1.0. Приятного хруста!

Дорогие друзья, мы получили результаты для различных целей SARS-CoV-2. Вычисления продолжаются, и мы хотим узнать ваше мнение о следующей цели. Проголосовать за одного из них можно до 5 февраля 2024 года.

Дальнейшие исследования основной протеазы SARS-CoV-2 (3CLpro)
Это важнейшая терапевтическая мишень против SARS-CoV-2. 3CLpro (цистеиновая протеаза; EC 3.4.22.69), в частности, имеет решающее значение для расщепления полипротеинов коронавируса с образованием зрелых неструктурных белков, которые сами по себе необходимы для механизмов репликации вируса. Нам все еще нужно гораздо больше исследований по этой цели в поисках новых, более мощных ингибиторов.

Гликопротеин вируса Эбола (GP).
Вирус Эбола является опасным патогеном для человека, и эта мишень может стать идеальным примером для исследования сценария разработки лекарств типа ИПП. Гликопротеин EBOV (GP) является единственным экспрессируемым вирусом белком на поверхности вириона и имеет решающее значение для прикрепления к клеткам-хозяевам и катализа слияния мембран.

Коронавирус синдрома острой диареи свиней (SADS-CoV PLpro).
Эта цель позволит нам изучить дизайн на нескольких связанных вирусных мишенях. Коронавирус синдрома острой диареи свиней (SADS-CoV), недавно появившийся кишечный коронавирус, считается связанным с синдромом острой диареи свиней (SADS), который нанес значительный экономический ущерб свиноводству. Патоген указывает на потенциал перехода к хозяину.

Голосование: Войти

«Он скучал и плесневел» как один человек решил восстановить уникальный советский телескоп и сделал это.

Последние шесть лет Сергей Назаров, научный сотрудник Крымской астрофизической обсерватории и известный популяризатор науки, восстанавливает забытый телескоп «Синтез». В День российской науки мы пообщались и выяснили, что им движет.

В 1978 году Крымская астрофизическая обсерватория ввела в строй новый, совершенно передовой по тем временам телескоп «Синтез» (он же «АСТ-1200») на продвинутой экваториальной монтировке вилочного типа. Оптика сделана по кассегреновской схеме с особой «изюминкой» — тонким ситалловым сегментированным главным зеркалом. Это уникальное зеркало состояло из шести подвижных шестиугольных сегментов и одного центрального неподвижного. Главная особенность — в возможности автоматического удержания заданного положения зеркал и способности частично компенсировать турбулентность в земной атмосфере благодаря быстрой подвижке каждого зеркала по двум осям.

Эксперимент ставился, чтобы выяснить принципиальную возможность создания более крупных зеркал, чем наиболее значительный на то время шестиметровое зеркало телескопа БТА в САО. Причем с компенсацией дрожания атмосферы — наиболее серьезной проблемы для крупных и длиннофокусных телескопов. Однажды Сергей Назаров решил восстановить уникальный научный инструмент.

Первые телескопы и первые проблемы

Когда в мире построили первые крупные телескопы, выяснилось, что они страдают от одного серьезного недостатка — зеркало слишком тяжелое. Оно и должно быть жестким, отсюда и большой вес. Если начать поворачивать телескоп в нужном состоянии, зеркало начнет гнуться, потеряет свою точность и качество изображения будет плохое.

Но затем ученые придумали, как избавиться от этого недостатка. Если делать зеркало из отдельных маленьких кусочков и собрать его, то оно получится большое, но легкое и с нужной жесткостью. И тут возникает новая проблема — как управлять этими сегментами.

Вместе с компьютерами в 70-80 гг. появилась такая возможность (конечно, самые первые системы управления еще не были компьютерные, но уже электронные). В США повелось делать круглые зеркала, потому что они дешевле, а в СССР — шестигранники. Их проще подогнать друг к другу с гораздо меньшими потерями по свету — получается гораздо меньше зазоров. Конечно, оба подхода имеют право на жизнь.

Научный эксперимент

Наш телескоп «Синтез» заработал в 1978 году и как раз на нем отрабатывалась технология создания сегментированной оптики — как все настраивать, чтобы получить качественное изображение, и юстировать эти кусочки, чтобы достичь максимального качества. В 90-х на нем тестировали технологию адаптивной оптики, когда пытаются подвижками сегментов компенсировать влияние атмосферы. Но оказалось, что это не очень хороший вариант. Сегмент все-таки великоват для таких задач и фрагменты не двигаются как единое целое. По сути, качество изображения не улучшилось.

Тут как раз распался Советский Союз. И, если сегментированное зеркало наши ученые смогли успешно реализовать, то его адаптивную оптику — нет. В итоге телескоп забросили, он стоял, плесневел, ржавел и скучал.

С 1990 до февраля 2018 года телескоп находился на консервации. Но удалось договориться с администрацией Крымской астрофизической обсерватории, и меня назначили ответственным за его восстановление. Процесс пошел — вот уже шесть лет мы его ремонтируем.

Что уже удалось сделать?

Сейчас нам удалось восстановить механику телескопа, сделать электронику, подключить все к компьютеру и наладить систему управления. Телескоп можно наводить на цель — мы делаем открытия и попутно собираем деньги на главную оптику, потому что шестигранники устарели. Да и изначально они были сделаны не суперкачественно. Все-таки телескоп был не научный, а экспериментальный — задача была научиться управлять сегментами.

Мы их сохраняем как музейный экспонат, а вместо них в трубу ставим главное зеркало телескопа, сделанное, скажем так, на основе цельного зеркала, но по современным технологиям. Поэтому у нас будет хорошее качество изображения при небольшом весе зеркала. Все-таки сегменты дают максимальную эффективность на крупных телескопах — 4-5 метров, 10, 20 и больше.

В октябре 2020-го состоялся первый свет 350-миллиметрового телескопа «на спине» «Синтеза».

И мы уже наблюдали на «Синтезе» послесвечение исключительно гамма-всплеска в октябре 2022 года. Его обнаружили Swift, Fermi, MAXI/GSC, INTEGRAL (SPI-ACS), Konus-Wind, the
IPN, AGILE/MCAL, SolO/STIX, SRG/ART-XC, CALET and GRBAlpha. Гамма-всплеск оставил послесвечение сразу в нескольких диапазонах ЭМ-спектра. Погоды, увы, не было, но на следующую ночь нам удалось вытащить его между облаков в r-фильтре.

Вот как он выглядел в рентгеновском свете:

Изображение в гамма-лучах доступно по ссылке.

И это не все открытия. Мы ждем новых, а нас ждут экзопланеты.

Почему это для тебя так важно?

С одной стороны — мне нравится этим заниматься, ведь я отдаю дань нашим предкам и завершаю то, что они не доделали. С другой — восстанавливаю телескоп как научный инструмент, действительно крупный по нашим российским меркам. В наших хороших астроклиматических условиях он даст очень хорошие научные результаты.

Что теперь можно делать на «Синтезе»?

Получать художественные снимки объектов глубокого космоса, искать кометы, астероиды и переменные звезды. Еще есть возможность наблюдать послесвечения гамма-всплесков, сверхновые и новые звезды, а также искать новые туманности.

«Синтез» ожил, пришел в себя, открыл глаза и увидел Вселенную. А, значит, наши надежды, планы и самые безумные мечты становятся реальностью.

Следить за восстановлением телескопа и помочь проекту можно по ссылке.

Я, расскажу Вам, историю первого в Советском Союзе сегментированного телескопа – Синтез

Привет, друзья!

Сегодня будет специальный пост для тех, кто присоединился к нам недавно. Похожий я недавно писал для группы Урании, здесь он публикуется с правками.

Итак я, присаживайтесь поудобнее, я расскажу Вам историю первого в Советском Союзе сегментированного телескопа - и одного из первых в мире! Уже мало кто помнит то время, когда мы шли нос к носу с американцами в славном деле создания передовых телескопов и кое-в-чём их опережали.

А дело было так.

В 1978 г., буквально через три года после ввода в строй Большого телескопа азимутального (БТА) с монолитным шестиметровым зеркалом, в научных журналах вышли статьи с фантастической информацией: в Крымской астрофизической обсерватории заработал экспериментальный телескоп «Синтез» (он же АСТ-1200), первый действующий сегментированный телескоп.

Установлен он в павильоне с откатной крышей на экваториальной монтировке вилочного типа. Оптика выполнена по кассегреновской схеме с тонким ситалловым сегментированным главным зеркалом + корректор. Приёмное оборудование располагалось за главным зеркалом.

Зеркало состоит из шести одинаковых подвижных шестиугольных сегментов и одного центрального неподвижного, диаметрами по 40 см.

Цель эксперимента — выяснить принципиальную возможность постройки бОльших по диаметру зеркал, чем зеркало крупнейшего в мире (на тот момент) телескопа БТА в САО. При этом решающее значение имела отработка самой технологии создания и юстировки сегментированной оптики.

Попутно ставилась ещё более грандиозная цель - создание системы быстрого и высокоточного контроля пространственного положения зеркал, в том числе и с возможностью компенсации турбулентности земной атмосферы благодаря микроподвижкам каждого зеркала по двум осям. То есть это была попытка реализовать систему адаптивной оптики!

Но если сегментированное зеркало успешно заработало, то вопрос с адаптивной системой решить не успели - СССР рухнул, а вместе с ним полностью прекратилось финансирование этого уникального научного эксперимента.

С середины 1980-х до 2018 г. телескоп находился на консервации.

В 2018 году к восстановлению телескопа приступил сотрудник КрАО Сергей Назаров. Образовалась команда единомышленников, объединённая целью дать незаслуженно забытому телескопу вторую жизнь: Олег Кутков, Алексей Харченко, Михаил Ильин и Александр Кривенко.

Анализ состояния телескопа выявил хорошую сохранность и лишь незначительные повреждения, образовавшиеся за 30 лет хранения. Однако электронные системы управления монтировкой, сельсинами

и позиционированием зеркал устарели и морально и физически. Современные устройства точной установки сегментов превышают финансовые возможности, а их поставка затруднена в связи с санкциями. Опыт собственного производства подобной техники отсутствует. Кроме того зеркала демонстрируют малую светосилу и не самую высокую оптическую точность.

В связи с этим было принято решение о создании фактически нового телескопа на базе существующей механической системы (павильон, вилка, приводы и труба), а уникальные сегменты сохранить как музейный экспонат.

В 2021м году, в связи с отсутствием оптики для основной апертуры, руководитель Астрофеста Андрей Остапенко дал нашей команде в безвозмездное пользование свой 350мм телескоп системы Ньютона. Дальше удалось собрать на пожертвования от неравнодушных людей деньги на покупку камеры QHY600M, колеса и фотометрических фильтров.

Сегодня 350мм телескоп активно используется: за два года поисков на нём обнаружено около 400 неизвестных астероидов главного поиска и один околоземный, несколько неизвестных переменных звёзд, регулярно наблюдаются послесвечения гамма-всплесков и транзиты экзопланет.

Время идёт, состав коллектива меняется, но цель остаётся прежней - полностью оживить незаслуженно забытого гиганта, отдав дань памяти предкам и создав новый научный инструмент.

Впереди нас ждёт изготовление светосильной оптики метрового класса и множество открытий!

Спасибо всем участникам этой группы за поддержку!

Вместе мы сила!

Обновление исследования от команды MCM (март 2024 г.)

Мы продолжаем характеризовать биомаркеры рака легких, выявленные в проекте MCM1. Это обновление посвящено HSD17B11, гену, связанному с выживаемостью при раке легких. HSD17B11 представляет собой ген, кодирующий белок, относительно повсеместно экспрессирующийся в органах и тканях. Это короткоцепочечная алкогольдегидрогеназа, которая метаболизирует вторичные спирты и кетоны.

Проект: Картирование маркеров рака Опубликовано: 14 марта 2024 г.

Терминология

- Стероидогенез: процесс, посредством которого холестерин превращается в различные стероидные гормоны.
- Идиопатическая необструктивная азооспермия: наиболее тяжелый тип мужского бесплодия, характеризующийся малым объемом яичек и очень низкой концентрацией сперматозоидов, причина которого не установлена.

Фон

Идентификация молекулярных маркеров и их комбинаций (сигнатур) позволяет нам выявлять заболевание на более ранней стадии (диагностические сигнатуры) и стратифицировать пациентов на подгруппы на основе закономерностей прогрессирования заболевания (прогностические сигнатуры), что потенциально может привести к определению того, какие пациенты могут получить пользу от различных вариантов лечения (прогностические сигнатуры). . Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомами, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.

С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 894 000 лет процессорного времени, помогая анализировать данные о раке и саркоме легких и яичников гораздо более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны за эту постоянную поддержку.

Далее описывая 26 генов с наибольшим количеством баллов при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1, FARP1, GSDMB, AHD6, IL13RA1, PCSK5 и TLE3 в предыдущих обновлениях MCM. Здесь мы излагаем информацию о HSD17B11. Важно отметить, что на данный момент между всеми этими белками существует сильная связь, как показано на рисунке 1. HSD17B11 является четвертым по количеству связанных белков в нашем списке, при этом FARP1, TLE3, PCSK5 являются более связанными.

Рисунок 1. Физические взаимодействия белков, связывающие 8 белков, на которых мы сосредоточились до сих пор (розовые узлы). Данные из нашей базы данных IID.

HSD17B11 Исследования

HSD17B11 — это ген, который кодирует белок, называемый гидроксистероид-17-бета-дегидрогеназа 11. Гидроксистероид-17-бета-дегидрогеназа 11 может превращать андростан-3-альфа,17-бета-диол в андростерон in vitro, что позволяет предположить, что он может участвовать в выработке андрогена.
Учитывая его структуру (рис. 2), HSD17B11 имеет четыре известных лиганда, которые могут с ним связываться, включая андростерон, глицерин, сульфат-ион и хлорид-ион.

Рисунок 2. Структура белка HSD17B11 (PDB).

Крупный метаанализ показал, что однонуклеотидные полиморфизмы в HSD17B11 в значительной степени связаны с мышечной массой тела [1]. Также было обнаружено, что HSD17B11 является потенциальным биомаркером ишемической болезни сердца [2] и идиопатической необструктивной азооспермии [3].
Было обнаружено, что HSD17B11 играет защитную роль при раке легких (рис. 3), как и другие гены, которые мы представили до сих пор.

Рисунок 3. а) Кривые выживаемости пациентов с низкой и высокой экспрессией HSD17B11 (KMplot). б) Еще более сильная связь обнаружена для аденокарциномы легких и в) для никогда не куривших.
Мы продолжили исследования, чтобы изучить связь между HSD17B11 и другими видами рака. Как показано на рисунке 4, при сравнении раковых тканей и нормальных тканей, HSD17B11 дифференциально экспрессируется при большинстве видов рака (обозначено красным текстом).

При большинстве видов рака его активность повышена, за исключением рака молочной железы, толстой кишки, плоскоклеточного рака легких, рака яичников, почек, щитовидной железы и матки. В литературе HSD17B11 связан с прогнозом рака простаты [4] и выживаемостью при раке поджелудочной железы [5].
Рисунок 4. Экспрессия HSD17B11 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).

Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили!

Команда WCG

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда: