в случае с energystones скорее всего надо будет добавить хендлер в gameserver.java
вот это боюсь надо на эклипс.орг спрашивать, чем они их программе помешали, но факт есть фактом, пока в папке серва есть файлы в СКРЫТЫХ папках .svn серв компилится косячно. Хотя есть еще подозрение на Тортойз, что он с эклипсом как-то не дружит, я уже писал выше...